פרויד האמין כי האני הוא "ראשית כל אני גופני…" המפתח בעיקר תחושות גוף ובמיוחד תחושות המגיעות משטח פני הגוף, ולכן ניתן להחשיב את האני כהשלכה מנטאלית של פני שטח הגוף. גם ויניקוט סבר כי הגוף הוא משכן הנפש – הנפש המונכחת בגוף, ותפס את הקשר בין גוף לנפש במארג של השפעות פסיכוסומטיות. וינקוט תבע את המושג הנפש השוכנת בגוף, שניסח מחדש את קשר גוף-נפש הפרוידיאני באופן ביולוגי פחות ופסיכולוגי יותר. הפסיכותרפיסט הגופני סטנלי קלמן טוען כי "בלי אנטומיה, רגשות אינם קיימים. לתחושות ורגשות יש ארכיטקטורה גופנית" (Keleman, 1985).
הפסיכותרפיה הגופנית משתמשת במיומנויות של תשומת לב גופנית כדי להעמיק את המודעות לעצמנו כגוף. המטפל והמטופל מפנים את תשומת ליבם וסקרנותם לחוויות חושיות גופניות (Embodiment) ומטפחים קשב (Mindfulness) מעין צופה פנימי הכורה אוזן לא ביקורתית לתגובותינו החושיות הפנימיות עוד לפני שהם מאורגנות כרגשות או מחשבות. כאשר אנו מסוגלים להנכיח את חוויותינו בגוף, סיכויינו לשחרר קשיחות גופנית ונפשית גדולים יותר: אנו רוכשים שפה גופנית המתווספת לשפה הרגשית (הקוגניטיבית / אפקטיבית) ולומדים ליצור גם באמצעותה שינוי ותנועה. הפסיכותרפיה הגופנית מתאימה למטופלים המחפשים לעבור תהליך טיפולי-נפשי וחפצים לשלב בו גם את חוויותיהם הגופניות, ולדבר גם בשפת הגוף. (רולף בן-שחר, 2013)
הפסיכותרפיה הגופנית משתמשת במיומנויות של תשומת לב גופנית כדי להעמיק את המודעות לעצמנו כגוף ומניחה שההנכחה הגופנית מאפשרת עיבוד מלא יותר של חוויות החיים, והתמסרות שלמה יותר לכוח החיים שבתוכו" (טוטון, 2003).
הפניית תשומת הלב של המטופל לחוויה הגופנית שלו בתוך השיח, המילולי והלא מילולי, הנרקם בינו לבין המטפל, תאפשר לו ללמוד דרך חדש להתייחסות לעצמו כמכלול גופנפש, ולהיעזר במשאבים רבים ויצירתיים הטמונים בו להקלת סבל, והתפתחותו בדרכים המתאימות לו". (כהן-רוקח, 2014)
מחקרים במדעי המוח מצביעים על כך שארגונים גופניים נמצאים ביחסי גומלין ישירים עם ארגונים רגשיים ומנטליים. ישנו גוף ידע מצטבר בתחומי הטראומה, ההתקשרות והמוח שתומך ביעילותם של שיטות טיפוליות המערבות גוף. ההבנה המתפתחת של הגוף והנפש יוצרת דיאלוג מתמיד ביניהם ומסייעת להשתנות תחום הפסיכותרפיה, המדע והרפואה בעשורים האחרונים. אך מדעי המוח והרפואה רואים בגוף כישות ביולוגית, בעוד הגוף כ"דרך לביטוי, הגוף כאני", נשכח. נקודת המבט של הפסיכותרפיה הגופנית על סוגיית הגוף-נפש אינה ביולוגית, היא הוליסטית, משמע שהיא רואה את האדם כמכלול שלם, ובכך שונה עמדתה מתפיסת המודל הרפואי או מזו של מדעי המוח. לפי התפיסה ההוליסטית, האדם מייצג כוליות גופנפשית שבמובן מסוים אינה ניתנת לצמצום לשפה גופנית בלבד או נפשית בלבד. בטיפולים מסורתיים במסורות המזרח, הגוף והנפש נתפסים מראש כשייכים למכלול אחד לא מפוצל. ברפואה הסינית למשל, ביטויים רגשיים וגופניים אינם מופרדים באופן עקרוני. בשונה מתפיסות מסורתיות ומזרחיות אלו, הפסיכותרפיה הגופנית שצמחה בליבת התרבות המערבית היתה צריכה "להרוויח" את אחדות הגופנפש. ויניקוט ניסח זאת בחן: "שמעתי שאומרים שבתוך הרך הנולד הפיזיולוגיה והפסיכולוגיה אחת הן. זוהי התחלה טובה. פסיכולוגיה היא התפתחות הדרגתית מהפיזיולוגיה". (Winnicott, 1987 p.36). (רולף בן-שחר, 2013)